Conan dan teman-temannya, bersama asisten guru wali kelas Wakasa, menemukan kerangka di gudang penyimpanan lama di sekolah. Korban meninggal sekitar sepuluh tahun sebelumnya. Sepuluh tahun yang lalu, sekelompok empat pencuri masuk ke rumah seorang pria kaya dan melarikan diri dengan ingot emas senilai 200 juta yen. Pada malam yang sama, terlihat segerombolan sosok mencurigakan memasuki Sekolah Dasar Teitan. Conan dan teman-temannya mencoba memecahkan kode yang tertulis di ikat kepala yang ditemukan di tangan kerangka itu. Conan menyadari jadwal kelas yang ditemukan Ayumi di gudang penyimpanan adalah kunci untuk memecahkan kode tersebut.
