Conan, Kogoro, Amuro, dan koki Irohazushi Wakita bergabung dengan teman sekelas sekolah menengah klien mereka Nichihara Taisei dengan total sembilan orang. Mereka membagi tanggung jawab dan mulai bersiap untuk bermalam di gereja yang ditinggalkan, tetapi pekerja kantor Wada ditemukan tewas di toilet, ditembak di dahi dengan panah otomatis. Mereka mulai bertindak berpasangan, dan ketika Conan dan Amuro berdua saja, dia mengajukan pertanyaan kepadanya. Pada saat yang sama, suara pecahan kaca terdengar di gereja… Sementara itu, inspektur polisi Nagano Morofushi melihat Amuro di video TKP dan ingat pernah melihatnya di suatu tempat sebelumnya…
