Conan, Kogoro, Amuro, dan koki Irohazushi Wakita membawa kereta ekspres terbatas Azusa ke Nagano. Awalnya, Sonoko seharusnya pergi bersama mereka, tetapi dia jatuh sakit. Karena Ran tetap tinggal untuk mengunjungi temannya, Amuro dan Wakita mengambil tempat mereka dalam perjalanan karena klien Nichihara Taisei bersikeras dalam suratnya kepada Kogoro bahwa dia membawa rombongan berempat. Termasuk dengan surat itu adalah kode yang ditulis dalam katakana. Permintaan klien adalah, “Teman lama saya gantung diri di sebuah gereja yang ditinggalkan jauh di pegunungan Nagano, dan saya tidak tahu mengapa. Tolong pecahkan kodenya dan katakan yang sebenarnya.” Di kapel gereja terbengkalai tempat mereka tiba, mereka menemukan lima mantan teman sekolah menengah Nichihara…
