Kapal yang membawa Boruto, teman-temannya, dan penduduk Pulau Dotou tewas di dalam air. Seorang pembuat kapal Kajiki dan muridnya Ikada kebetulan lewat dan menawarkan untuk memperbaiki kapal di pulau pembuat kapal tempat mereka tinggal. Sesampainya di pulau, Boruto dan teman-temannya berusaha melakukan apa saja untuk membantu sambil menunggu kapal mereka diperbaiki. Sementara itu, di lautan dekat Tanah Air, bentrokan antara bajak laut Klan Funato dan Tanah Air menjadi tak terhindarkan.




