Di era ini, umat manusia telah berkembang menjadi dua subspesies: Naturals, yang tinggal di Bumi dan Koordinator, manusia yang ditingkatkan secara genetik yang mampu menahan kerasnya ruang angkasa yang menghuni koloni orbital. Ceritanya berkisar pada Koordinator muda Kira Yamato yang terlibat dalam perang antara dua ras setelah koloni luar angkasa netral diserang oleh Koordinator.
