Saat dikejar oleh bandit, seorang anak laki-laki mencari perlindungan di reruntuhan tua di mana dia menemukan Zoids kecil bernama Zeke dan seorang gadis misterius bernama Fiona. Saat mencoba melarikan diri dari reruntuhan, Zeke menghidupkan kembali Shield Liger yang ditinggalkan dan membantu Van dan Fiona kabur
