Van menemukan Organoid Zoid di laboratorium yang ditinggalkan saat melarikan diri dari dua orang asing yang mengemudikan Zoid. Juga di laboratorium, di dalam tabung suspensi animasi adalah seorang gadis aneh. Dia membuka tabung dan membawanya serta Organoid bersamanya. Gadis itu, yang menyebut namanya Fiona, ingin menemukan sesuatu yang disebut “Zoids Eve”, dan Van, the Organoid Zeke, dan Fiona memulai petualangan mereka.
