EVA-00 akhirnya diperbaiki, dan Shinji mencoba mengenal pilot misteriusnya, Rei Ayanami, lebih baik. Namun, dia bingung karena dia sangat picik, tidak punya teman sama sekali, dan seluruh catatan masa lalunya telah terhapus. Di tengah-tengah ini, Malaikat yang sangat kuat, monolit mengambang Ramiel, menyerang Tokyo-3.
