Misato membawa Shinji, bersama Touji dan Kensuke, ke konvoi besar angkatan laut PBB yang mengangkut Evangelion Unit-02 dan pilot Jerman yang berapi-api, Asuka Langley Souryuu, ke Jepang. Mengawal Asuka adalah pacar lama Misato, Ryouji Kaji. Setelah beberapa perkenalan dan reuni yang canggung , armada diserang oleh Malaikat akuatik yang sangat besar. Asuka memperkuat Eva-02, dan memutuskan bahwa dia akan mengalahkan Malaikat dengan bermain “hopscotch”…
