Misato kesal dengan Shinji karena mengabaikan perintahnya dalam pertarungan Malaikat terakhir, dan dia begitu diliputi oleh stres menjadi pilot EVA sehingga dia melarikan diri. Setelah berkeliaran di Tokyo-3 selama beberapa hari, Shinji dihadapkan pada pilihan berhenti atau tinggal di rumah barunya.
