Shinji mulai bersekolah di sekolah barunya di Tokyo-3, dan mengalami kesulitan menghadapi ketenaran sebagai pilot Evangelion. Touji Suzuhara, yang adik perempuannya terluka dalam pertarungan Shinji melawan Malaikat, marah pada Shinji. Malaikat baru muncul , dan Shinji harus sekali lagi mengemudikan EVA-01 untuk mengalahkannya.
