Marah atas kematian Touji yang hampir mati di tangan EVA-nya sendiri, Shinji menolak untuk mengemudikan Evangelion lagi dan bersiap untuk meninggalkan Tokyo-3 untuk selamanya. Dia terpaksa mempertimbangkan kembali keputusan itu ketika Malaikat baru yang sangat merusak menyerang tepat saat dia berada di dekatnya. untuk pergi…
