Evangelion Unit-03 tiba dari Amerika Serikat. Namun, eksperimen aktivasinya memunculkan mimpi buruk terburuk NERV ketika ternyata telah terinfeksi oleh Malaikat Ketigabelas. EVA lainnya dikirim untuk melawan kekejian yang terinfeksi Malaikat… bahkan di risiko membunuh pilotnya yang tidak berdaya.
