Shinji mengalahkan Asuka dalam tes sinkronisasi, yang membuatnya sangat kesal. Tidak lama kemudian, EVA dikirim untuk menghadapi penampakan misterius, dan EVA-01 tersedot ke dalam kegelapan seperti bayangan yang muncul dari ketiadaan dari bawahnya. operasi darurat untuk menyelamatkan EVA yang ditangkap dibuat, Shinji melakukan perjalanan ke kedalaman kesadarannya sendiri…
