Tes rutin yang melibatkan pilot EVA berubah menjadi perjuangan untuk bertahan hidup ketika jenis Malaikat yang benar-benar baru muncul dan menyebar di dalam Markas Besar NERV. Malaikat baru yang mirip komputer ini mengancam akan memicu penghancuran diri seluruh fasilitas, meninggalkan Dr. Ritsuko Akagi berpacu dengan waktu untuk menyelamatkan GeoFront dan menghancurkan Malaikat.
