Di balik bayang-bayang Jepang, pertempuran rahasia terus terjadi. Sekitar 200.000 ninja masih menjalankan misi mematikan sebagai organisasi rahasia, Intelijen Nasional NINJA, atau NIN. Namun muncul penantang: DI BAWAH NINJA. Dikenal sebagai PBB, para ninja ini menentang NIN di setiap kesempatan. Salah satu UN tersebut adalah Kuro, seorang penyendiri SMA yang dikirim ke garis depan. Bagaimana nasibnya dan faksi mana yang akan menang?
