Di tahun 2138, game virtual reality sedang booming. Yggdrasil, game online populer suatu hari ditutup secara diam-diam. Namun, salah satu pemain bernama Momonga memutuskan untuk tidak log out. Momonga kemudian diubah menjadi gambar kerangka sebagai “penyihir paling kuat”. Dunia terus berubah, dengan karakter non-pemain (NPC) mulai merasakan emosi. Tidak memiliki orang tua, teman, atau tempat dalam masyarakat, pemuda biasa Momonga ini kemudian berusaha untuk mengambil alih dunia baru dari game tersebut.
