Di dunia yang dipenuhi makhluk yang dikenal sebagai Kaiju, Kafka Hibino bercita-cita untuk mendaftar di Angkatan Pertahanan. Dia berjanji untuk mendaftar wajib militer dengan teman masa kecilnya, Mina Ashiro. Tak lama kemudian, kehidupan membawa mereka ke arah yang berbeda. Saat bertugas membersihkan setelah pertempuran Kaiju, Kafka bertemu Reno Ichikawa. Tekad Reno untuk bergabung dengan Angkatan Pertahanan membangkitkan kembali janji Kafka untuk bergabung dengan Mina dan melindungi umat manusia.
