Setelah menyadari nilai kehidupan dan pentingnya sekutu sendiri, Makoto akhirnya mendapatkan senyumnya kembali. Saat musim semi berubah menjadi musim panas, dia mendapati dirinya belajar lebih banyak tentang rekan-rekan itu dan semakin dekat dengan mereka. Dia bahkan bertemu teman baru, termasuk Aegis, android anti-Bayangan, Ken, seorang siswa sekolah dasar yang berusaha membalas dendam untuk mendiang ibunya, dan Koromaru, seekor anjing yang dapat menggunakan Persona. Makoto berharap semuanya akan berlanjut seperti apa adanya. Namun, sedikit demi sedikit, potongan-potongan dan orang-orang dalam kehidupan Makoto yang baru dan bahagia mulai berantakan, dan dia terpaksa menanggung kerugian yang menyertainya.














