Dibebaskan dari tanggung jawabnya dengan Organisasi 501, Motoko Kusanagi sekarang harus belajar cara menerima perintah dari Aramaki. Seseorang meretas Logicomas, dan Batou meminta bantuan mantan perwira intelijen tentara Ishikawa dan mantan ahli artileri udara Borma. Kusanagi juga berusaha mendaftarkan ace sniper Saito dan polisi yang menyamar Paz ke Bagian Keamanan Publik 9 yang baru.














