Pelangi terbalik terlihat di seluruh Jepang. Mereka dikatakan sebagai pertanda datangnya hujan. Gento curiga ada kaiju dibalik semua ini dan memutuskan untuk mengunjungi Profesor Yokomine, seorang kaijuologist terkemuka dan juga mentornya dari sekolah. Yokomine memberitahunya tentang Nijikagachi, makhluk seperti dewa yang terkadang bisa memberkati tanah dengan hujan dan terkadang menyebabkan kehancuran total. Saat itulah Gento menerima kabar tentang kemunculan kaiju raksasa!
