Koloni luar angkasa Orb Union, Heliopolis, diserang oleh ZAFT, meskipun netral sejak awal Perang Valentine Berdarah. Kira Yamato secara tidak sengaja melihat prototipe mobile suit baru Aliansi Bumi, yang dibuat secara diam-diam di pabrik Heliopolis Morgenroete. Dia bertemu teman masa kecilnya, Athrun Zala, yang sekarang menjadi tentara ZAFT sebagai salah satu penyerang.
