Tahun 2031: Wilayah Tokyo. Sebagian besar umat manusia telah punah akibat parasit Gastrea. Sebagai bagian dari gerakan Anti-Gastrea, siswa SMA Satomi Rentaro bekerja sebagai petugas sipil untuk Keamanan Sipil Tendo. Dalam sebuah misi, ia bertemu dengan seorang pria mencurigakan yang memakai topeng dan tuksedo: Hiruko Kagetane.
