Tomoharu Natsume selamat dari kecelakaan pesawat yang mengerikan tetapi Misao, teman dekatnya, tidak selamat dan menjadi hantu yang terus melekat padanya.Tiga tahun kemudian, dia pindah ke tempat yang disewa oleh saudaranya untuk tinggal sendiri dan bersekolah di Raku Tinggi sejak ibunya menikah lagi. Pada hari pertamanya di rumah barunya, seorang gadis misterius bernama Shuri muncul dan memberinya tas perak untuk dijaga atas nama saudara laki-lakinya yang tinggal di luar negeri. Segera setelah itu, Tomoharu dan sahabatnya, seorang Hantu bernama Misao Minakami, diserang oleh berbagai faksi yang semuanya mencari ‘Asura Machina’ dan ‘Extractor’.
