Pada suatu malam yang gelap, polisi Jepang digerebek oleh seorang mata-mata. Badan intelijen berbagai negara – seperti MI6 Inggris, BDN Jerman, dan CIA Amerika – serta file rahasia FBI akan diambil, tetapi petugas keamanan publik yang dipimpin oleh Tooru Amuro tiba tepat waktu. Mata-mata itu mencuri mobil dan kabur. Mata-mata dan Amuro kemudian terkunci dalam panas mati di jalan raya, dan saat itu akan menyebabkan kecelakaan dengan banyak mobil, mobil mata-mata itu terkena peluru senapan agen FBI Shuichi Akai dan jatuh di jalan raya. Keesokan harinya, Conan dan teman-temannya pergi ke sebuah akuarium yang baru direnovasi di Tokyo. Di bawah atraksi utama, sebuah kincir ria, Conan menemukan seorang wanita cantik sendirian dan terluka. Mata kiri dan kanannya memiliki warna yang berbeda.
